Een consortium van onderzoekers, onder wie LUMC-onderzoekers, werpt hier licht op met de zogenaamde transcriptieatlassen. Zij publiceren hier onder andere in het wetenschappelijk tijdschrift Nature over.

Een spiercel heeft hetzelfde genetisch materiaal als een oogcel of een huidcel. Toch functioneren deze cellen heel anders. Dat komt omdat verschillende celtypes verschillende delen van de genetische informatie gebruiken. Hoe cellen dit doen, maakt de ‘transcriptie-atlas’ duidelijk. Transcriptie is het proces waarbij genetische informatie gebruikt wordt voor het maken van eiwitten, die vele functies in cellen vervullen. Elk celtype heeft een andere mix eiwitten nodig, en dus een unieke transcriptie-atlas. 

Genactiviteit regelen

Het internationale FANTOM5-consortium, geleid door onderzoekers van het Japanse onderzoeksinstituut RIKEN, publiceert nu een serie artikelen in verschillende wetenschappelijke tijdschriften waarin ze laten zien welke genen in welke cellen actief zijn. In  Nature geven ze een overzicht van stukjes DNA die de genactiviteit regelen. Ook laten zij zien in welke cellen deze zogenaamde promotors en enhancers actief zijn.

Medicatie op maat

Bijzonder aan het onderzoek is dat het met gezonde cellen is gedaan, en niet met de gebruikelijke cellijnen. Cellijnen zijn afkomstig van sneldelende tumoren, en geven mogelijk niet het juiste beeld van hoe een gezonde cel functioneert. “We kunnen nu wel verder uitzoeken wat er op moleculair niveau misgaat in ziek weefsel ”, aldus prof. Albin Sandelin, een van de onderzoeksleiders. De onderzoekers denken na over meer mogelijkheden die de transcriptie-atlassen bieden, zoals rechtstreeks in ziekteprocessen ingrijpen op een op de patiënt toegesneden manier (personalized medicine).

Hartspiercel

Aan dit onderzoek werkten ruim 250 onderzoekers in meer dan 20 landen mee. LUMC-onderzoekers van de afdeling Anatomie & Embryologie waren betrokken bij het bestuderen van de transcriptienetwerken die bepalen hoe een stamcel een hartspiercel wordt. Deze kennis draagt bij aan het onderzoek naar vervanging van weefsels (regenerative medicine). 
De afdeling Humane Genetica hielp de overvloed aan data behapbaar te maken voor verder onderzoek en gereed voor integratie met andere onderzoeksgegevens.