De atlas geeft inzicht in de processen en functies van eiwitten, waaronder enzymen, die een rol spelen in 22 kankervormen

Onderzoekers hebben een belangrijke stap gezet in het begrijpen en behandelen van kanker met de The Pan-Cancer Proteome Atlas (TPCPA). De atlas kwam tot stand onder leiding van hoogleraar Translational OncoProteomics Connie Jimenez van Amsterdam UMC, en geeft een gedetailleerd overzicht van bijna 10.000 eiwitten in bijna 1.000 primaire tumoren, verspreid over 22 kankervormen.Deze schat aan data is online vrij toegankelijk en biedt onderzoekers wereldwijd de mogelijkheid om nieuwe biomarkers en therapiedoelen te ontdekken. Deze atlas is een belangrijke stap richting betere diagnoses en effectievere therapieën.

Connie Jimenez legt uit waarom de focus in de atlas op eiwitten ligt: “Eiwitten sturen alle functies in ons lichaam aan en in kankercellen is de activiteit van eiwitten ontregeld.” In de kliniek worden veel van die eiwitten gebruikt als doelwit voor gerichte therapie. Tot nu toe is grootschalig kankeronderzoek vooral gebaseerd op onderzoek van DNA, maar afwijkingen op dat niveau tonen niet altijd aan dat dit tot functionele veranderingen in de cel leidt. En daarom zijn de eiwitten geïnventariseerd. “Dankzij een nieuwe revolutionaire meetmethodiek zijn we nu in staat geweest om de eiwitprofielen in kaart te brengen in 999 tumoren.” De atlas kwam tot stand met geavanceerde massaspectrometrie, een speciale meettechniek waarbij de samenstelling, hoeveelheid en moleculaire staat van de eiwitten in een weefsel tegelijkertijd is bepaald. “Dit biedt nieuwe inzichten in kankerbiologie per individu en kansen voor het ontwikkelen van meer nauwkeurige diagnostiek en behandelingen op maat”, vervolgt Jimenez.

Nieuwe biomarkers en therapiedoelen
De atlas geeft inzicht in de processen en functies van eiwitten, waaronder enzymen, die een rol spelen in 22 kankervormen. Onderzoeker Jaco Knol: “Voor elk tumortype zijn 25 eiwitten opgespoord die het meest interessant zijn om te testen in vervolgonderzoek. Onder andere enzymen zoals HERC5 (slokdarmkanker) en RNF5 (leverkanker) bieden mogelijkheden voor innovatieve therapieën die tumoreiwitten afbreken.” Verder zijn er biomarkers gevonden om dikkedarmtumoren in 4 subtypes te verdelen. “Deze kunnen we weer indelen in 2 subtypes met verschillende afweercellen. Dit helpt bij het voorspellen van de prognose bij dikkedarmkanker.Ook belangrijk is dat we een eiwitsignatuur hebben ontwikkeld om de weefseloorsprong van tumoruitzaaiingen te voorspellen. Dit is cruciaal voor de juiste behandeling van patiënten met metastases, omdat ongeveer 5% van de metastases een onbekende oorsprong heeft”, aldus Knol.

Vrij toegankelijk
De bevindingen laten de waarde zien van eiwitprofielen voor het karakteriseren van tumoren. Ze geven ook inzicht in de verscheidenheid aan kanker. Via de online vrij toegankelijke dataportal biedt TPCPA een doorzoekbare schat aan data en hypotheses voor verder gericht onderzoek. Lees meer over de studie die tot de atlas heeft geleid in het wetenschappelijke tijdschrift Cancer Cell.

Bron: Amsterdam UMC